Quell'isolamento ha preservato i sistemi corallini e la fauna residente in uno stato raramente riscontrabile altrove lungo la costa orientale dell'Egitto. La baia di Abu Dabbab, quindici chilometri a nord del centro cittadino, ospita la popolazione di dugonghi più affidabile del Mar Rosso: i prati di fanerogame marine in tre-cinque metri d'acqua ospitano esemplari residenti tutto l'anno, un fenomeno registrato nei rilievi marini dal 2003. I letti di fanerogame attirano anche tartarughe verdi, tartarughe embricate e razze giovani che si nutrono in piena vista degli amanti dello snorkeling che entrano in acqua dalla spiaggia.
Lo snorkeling a Marsa Alam comprende sia baie vicine alla costa che pinnacoli al largo raggiunti con brevi trasferimenti in barca. Elphinstone Reef, un altopiano sommerso a dodici chilometri dalla costa, scende da cinque metri oltre la profondità ricreativa sulla sua parete orientale. Gli squali pinnabianca oceanici pattugliano le acque blu sopra l'altopiano durante i mesi estivi, e banchi di squali martello passano vicino alla punta meridionale tra giugno e settembre. I giardini poco profondi dell'altopiano, densi boschetti di coralli Acropora e Pocillopora, ospitano nuvole di anthias, banchi di pesci pappagallo e carangidi a caccia. La visibilità supera solitamente i trenta metri, conseguenza di un minimo sedimento fluviale e di un basso sviluppo costiero.
I protocolli di conservazione introdotti nel 2018 richiedono permessi per tutte le visite alla barriera corallina, limitando il numero giornaliero di snorkelisti ad Abu Dabbab a 150 e limitando gli ormeggi per le barche a Elphinstone a otto. La tassa di 25 euro a persona finanzia le pattuglie dei ranger e la manutenzione delle boe di ormeggio, misure che hanno contribuito a stabilizzare la copertura corallina nei siti monitorati. I prezzi delle immersioni a Marsa Alam includono spesso la tassa di conservazione, sebbene gli ingressi indipendenti da terra richiedano pagamenti separati ai cancelli del parco. I centri subacquei in città si concentrano lungo la strada costiera a sud del porto turistico; la maggior parte offre safari di snorkeling guidati che combinano due o tre siti in un'unica uscita. I punti di immersione di Marsa Alam si estendono oltre Elphinstone fino a Daedalus Reef, l'isola di Zabargad e Rocky Island, sebbene questi richiedano imbarcazioni per crociere subacquee e non siano raggiungibili con escursioni giornaliere.
La città stessa, una bassa griglia di hotel, negozi di sub e forniture, funge da punto di sosta piuttosto che da destinazione. Le infrastrutture per i visitatori si sono espanse rapidamente dopo l'apertura dell'aeroporto internazionale di Marsa Alam nel 2003, tuttavia lo sviluppo rimane concentrato in un corridoio di cinque chilometri, lasciando indisturbate le baie adiacenti e le insenature di mangrovie. Tale moderazione, unita a rigorosi protocolli di ormeggio e limiti di cattura per la pesca, sostiene le condizioni ecologiche che distinguono lo snorkeling a Marsa Alam dai settori del Mar Rosso più trafficati.
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