Cet isolement a préservé les systèmes coralliens et la faune résidente dans un état rarement trouvé ailleurs sur la côte orientale de l'Égypte. La baie d'Abu Dabbab, à quinze kilomètres au nord du centre-ville, abrite la population de dugongs la plus fiable de la mer Rouge — des herbiers marins situés entre trois et cinq mètres de profondeur accueillent des individus résidents toute l'année, un phénomène enregistré lors d'études marines depuis 2003. Ces herbiers attirent également des tortues vertes, des tortues imbriquées et des raies juvéniles qui se nourrissent sous les yeux des snorkelers marchant depuis la plage.
Le snorkeling à Marsa Alam englobe à la fois les baies proches du rivage et les pinacles au large accessibles par de courts trajets en bateau. Le récif d'Elphinstone, un plateau submergé à douze kilomètres au large, descend de cinq mètres jusqu'au-delà de la profondeur de plongée récréative sur son mur oriental. Des requins longimanes patrouillent dans les eaux bleues au-dessus du plateau récifal pendant les mois d'été, et des bancs de requins-marteaux passent par la pointe sud entre juin et septembre. Les jardins peu profonds du plateau — denses fourrés de coraux Acropora et Pocillopora — accueillent des nuées d'anthias, des bancs de poissons-perroquets et des carangues prédatrices. La visibilité dépasse généralement trente mètres, conséquence d'un dépôt sédimentaire fluvial minimal et d'un faible développement côtier.
Les protocoles de conservation introduits en 2018 exigent des permis pour toutes les visites des récifs, limitant le nombre quotidien de snorkelers à Abu Dabbab à 150 et plafonnant à huit le nombre d'amarrages de bateaux à Elphinstone. Les frais de 25 EUR par personne financent les patrouilles de gardes forestiers et l'entretien des bouées d'amarrage, des mesures reconnues pour stabiliser la couverture corallienne sur les sites surveillés. Les prix de la plongée à Marsa Alam incluent souvent la taxe de conservation, bien que les entrées indépendantes depuis le rivage nécessitent un paiement séparé aux entrées du parc. Les centres de plongée de la ville se regroupent le long de la route côtière au sud de la marina ; la plupart proposent des safaris guidés de snorkeling combinant deux ou trois sites en une seule sortie. Les sites de plongée de Marsa Alam s'étendent au-delà d'Elphinstone jusqu'au récif de Daedalus, l'île de Zabargad et l'île Rocky, bien que ceux-ci nécessitent des navires de croisière et se situent hors de portée pour une excursion d'une journée.
La ville elle-même — une grille basse d'hôtels, de centres de plongée et de magasins de ravitaillement — fonctionne davantage comme un point de transit que comme une destination. Les infrastructures touristiques se sont développées rapidement après l'ouverture de l'aéroport international de Marsa Alam en 2003, mais le développement reste concentré dans un corridor de cinq kilomètres, laissant les baies adjacentes et les criques de mangrove intactes. Cette retenue, associée à des protocoles d'amarrage stricts et à des limites de capture pour la pêche, maintient les conditions écologiques qui distinguent le snorkeling à Marsa Alam des secteurs plus fréquentés de la mer Rouge.
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